Alla fine di questo campionato, il Gemini ha disputato lo spareggio per non retrocedere contro l' Adrano perdendo 3-2 ma a causa del ripescaggio del Trapani,in serie D, il San Giovanni Gemini viene per fortuna ripescato in Eccellenza

2002/03 Eccellenza (gir. A)

Ancora una volta il San Giovanni Gemini disputa i play out contro la Panormus, perdendo 2-1, così retrocede in Promozione.

2003/04 Promozione (gir. C)

Il Gemini raggiunge i play off e disputa la prima partita contro i cugini del Kamarat. Questa partita è stata disputata a Favara, dove soffiava un forte vento che ha condizionato la partita. Nel primo tempo il vento era a favore del Gemini che passa in vantaggio, poi nel secondo tempo il Kamarat sfrutta il vantaggio del vento e ne approfitta per segnare tre gol, poi il solito Scarpinato accorcia le distanze, ma al novantesimo arriva la beffa per i cugini, Biondolillo dalla destra fa partire un tiro che inganna il portiere del Kamarat e segna il pareggio con il quale il Gemini si qualifica. Nella seconda partita dei play off, il Gemini affronta l'Enna; la partita viene dominata dagli ennesi che superano il turno con un secco 2 a 0. Per il Gemini finisce il sogno della promozione in Eccellenza, il campionato che gli spetta.

2004/05     Promozione (gir. D)

2005/06     Promozione

2006/07     Promozione

2007-2009  Prima Categoria

Dopo la retrocessione in Seconda Categoria la dirigenza ha trovato un accordo con la società del Racalmuto Calcio per realizzare una fusione societaria, il Gemini ritorna in Promozione dopo tre anni di Prima Categoria

2009/2010 Promozione (Gir. A )